Mikrovlnné rúry pracujú na princípe vysokofrekvenčných elektromagnetických vĺn, ktoré rozkmitávajú molekuly v potravinách. Ich pohyb vytvára teplo, a tým sa jedlo ohrieva. Teplo sa šíri od okrajov do stredu, preto je vhodné pokrm po ohreve premiešať, aby sa rovnomerne zohrial.
Mikrovlny sa odrážajú od kovov, preto do mikrovlnnej rúry nepatrí kovový riad – napríklad nerezový alebo medený, ani riad s nekovovým povrchom, ktorý obsahuje kovové časti alebo je poškodený tak, že sa miestami odkrýva kovový základ. Do mikrovlnky je ideálny sklenený, porcelánový, keramický alebo kameninový riad, zo špeciálnych plastov alebo silikónu.
Moderné mikrovlnné rúry často ponúkajú aj klasické teplovzdušné pečenie – bez použitia mikrovĺn. V takom režime môžete použiť aj všetky ostatné typy varného a pekárskeho riadu.